Počátky působení pallotinů v České republice sahají do období druhé světové války. Jako první zde působil P. Richard Henkes SAC, německý pallotin, který odešel na území tehdejšího Československa, aby se vyhnul službě ve Wehrmachtu. Na území dnešní České republiky působil v rámci tehdejší ostravsko-opavské diecéze. Pro svůj otevřený odpor vůči nacismu byl zatčen a internován v koncentračním táboře Dachau.
V roce 1945, během epidemie tyfu, se dobrovolně přihlásil ke službě na infekčním bloku, aby mohl pomáhat nemocným spoluvězňům. Při této službě se nakazil a krátce nato zemřel. Dne 15. září 2019 byl blahořečen v německým Limburgu.
Ačkoli P. Richard Henkes během války působil na území dnešní České republiky, působil zde osamoceně, a proto zde tehdy nevznikla žádná pallotinská komunita.
V roce 2009 přesunuli pallotini své pastorační působení ze Staré Boleslavi do farnosti Jámy na Vysočině v brněnské diecézi. Od 1. července 2010 byla komunita rozšířena o další dvě farnosti – Radešínskou Svratku a Olešnou u Nového Města na Moravě, které pallotini spravují se sídlem v Radešínské Svratce.
Od roku 2009 se pallotini rovněž starají o poutní kostel Božího milosrdenství a sv. Faustyny Kowalské ve Slavkovicích, který se 25. května 2025 stal diecézní poutní svatyní Božího milosrdenství. Jedná se o první kostel zasvěcený Božímu milosrdenství v České republice; nachází se na území farnosti Jámy.
