Počátky působení pallotinů v České republice sahají do doby druhé světové války. Jako první zde působil v diecézi Diecéze ostravsko-opavská P. Richard Henkes SAC, německý pallotin, který uprchl na území tehdejšího Československa, aby se vyhnul službě ve Wehrmachtu. Pro svůj otevřený odpor vůči nacismu byl zatčen a internován v koncentračním táboře Dachau.
V roce 1945, během epidemie tyfu, se dobrovolně přihlásil ke službě na infekčním oddělení, aby mohl pomáhat nemocným. Při této službě se nakazil a krátce nato zemřel. Dne 15. 9. 2019 byl blahořečen v Limburg an der Lahn.
Přestože P. Richard Henkes během války působil na území dnešní České republiky, působil zde sám, a proto tehdy nevznikla žádná komunita pallotinů.
K obnovení přítomnosti pallotinů v České republice došlo v roce 2002, kdy do země přišli pallotini z polské provincie Krista Krále. Na pozvání kardinála Miloslav Vlk převzali duchovní správu poutního místa ve Stará Boleslav.
V roce 2005 převzali pallotini pastorační péči o farnost Fulnek v Diecéze ostravsko-opavská.
Od roku 2006 začali v České republice vydávat časopis Apoštol Božího milosrdenství, zaměřený na šíření úcty k Božímu milosrdenství a na formování vnitřního postoje milosrdenství vůči sobě i druhým.
V roce 2009 přesunuli pallotini své pastorační působení ze Stará Boleslav do farnosti Jámy na Vysočině v Diecéze brněnská. Od 1. července 2010 byla komunita rozšířena o další dvě farnosti – Radešínská Svratka a Olešná u Nového Města na Moravě, které pallotini spravují se sídlem v Radešínské Svratce.
Od roku 2009 se pallotini rovněž starají o poutní kostel Božího milosrdenství a sv. Faustyna Kowalska ve Slavkovice. Jedná se o první kostel zasvěcený Božímu milosrdenství v České republice; nachází se na území farnosti Jámy.
